疏水層析填料質量性能對試驗影響分析
　　一、疏水層析填料的選擇
　　*不同的配基的疏水填料與蛋白的結合能力強弱不同，在進行疏水層析時要對不同的疏水填料進行篩選對比。
　　*同一配基的疏水層析填料由于配基密度不同，其和蛋白的的疏水作用力也不同，篩選填料時也要對不同的配機密度的疏水填料進行對比篩選。
　　二、樣品的性質
　　蛋白質的疏水性強弱取決于其表面疏基團的分布，同時與樣品緩沖液的離子強度，離子種類，pH,所處的溫度都有一定的關系，在進行疏水層析時要保持恒定的溫度，且要對樣品緩沖液的離子種類及離子強度，pH進行篩選對比分析。
　　三、層析柱反壓升高或柱效下降
　　1、確保壓力的升高是由層析柱引起的
　　檢查在線濾器；從組分收樣器開始斷開管線，觀察壓力變化排除其他原因造成的壓力升高。
　　2、層析柱使用過程雜質的積累
　　對填料進行清洗：先用0.5M的氫氧化鈉洗1CV,然后用去離子水把堿洗掉（5CV),之后在用30%的異丙醇洗1CV，異丙醇洗完后用去離子水洗5CV，上樣1CV 1mg/ml胃蛋白酶溶液（溶于0.1M乙酸，0.5M氯化鈉，降解沉淀在層析柱上的蛋白），室溫過夜，再用1.5CV 0.2M NaOH清洗，再用4CV去離子水清洗。
　　3、柱床太高
　　疏水層析裝填高度建議在10-20cm，大于20cm反壓增大。
　　4、流速過快
　　使用適當的流速。
　　5、疏水層析填料被污染或老化
　　隨著填料的使用，一些雜質的積累會使層析填料的孔徑發生變化（如堵塞，非特異性吸附積累，微生物污染，破碎等），導致其排阻能力發生偏差而影響分離度。此時可對填料進行CIP清洗，若清洗后還不能達到分離要求，就要更換新的填料。
　　三、層析柱進氣泡
　　大量進行很好脫氣的去離子水反相沖洗平衡層析柱（30cm/h），氣泡會被逐漸帶出層析柱。
　　四、洗脫時沒有收到目標物質或者洗脫量太少
　　目標物沒有與介質結合或結合量較少
　　先確認目標物質是否和填料結合
　　洗脫時間不夠
　　降低流速，延長洗脫液的保留時間
　　目標物質和填料結合強度太高
　　降低平衡液中鹽濃度或更換鹽的種類 或或更換結合能力較弱的疏水介質在 洗脫液中加入添加劑（少量去污劑或 者低濃度有機試劑）
　　層析緩沖液及溫度
　　確保疏水層析時的溫度適宜，且選擇合適的緩沖液。
　　疏水層析時目標物不與填料結合或結合量較低
　　*確保合適的保留時間（上樣速度）。
　　*目標物質和疏水層析填料疏水作用力太弱，更換疏水性強的填料。
　　*緩沖液的離子強度太低，提高緩沖液的離子強度。